作者
Eva Graf
安捷伦科技有限公司
Waldbronn, Germany

前言
RNA 样本的质量评估对于成功完成 RNA 测序工作流程中的文库制备至关重要。Agilent 2100 生物分析仪系统能够通过总 RNA Nano 和 Pico 分析实现 RNA 样本量和完整性的高重现性评估。一般来讲，RNA 完整值 (RIN) 是一种适用于评价 RNA 测序样本完整性的参数。建立源自福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织样本的 RNA 测序方法时，需要通过片段大小分布来进一步区分降解的 RNA 样本。DV₂₀₀质量指标表示超过200个核苷酸的 RNA 片段的百分比，并且与FFPE样本的捕获前文库产率表现出高度关联性^[1]。

本技术概述介绍了在 Agilent 2100 生物分析仪系统上使用 DV₂₀₀ RNA Nano和 DV₂₀₀ RNA Pico 分析简化 DV₂₀₀ 的评估。

DV₂₀₀ RNA Nano和Pico分析的主要改进点：

•  预定义的 DV₂₀₀ 区域
•  DV₂₀₀ 默认展示在区域表中
•  结果根据 DV₂₀₀ 范围进行标记
•  DV₂₀₀ 范围显示在芯片汇总中

技术详情
使用 Agilent 2100 生物分析仪系统， 该系统配备 Agilent 2100 Expert 软件版本 B.02.08、Agilent RNA 6000 Nano 试剂盒（部件号 5067-1511） 和 Agilent RNA 6000 Pico 试剂盒（部件号 5067-1513）。除非另有说明， 否则按照制造商的方案和指南进行操作。FFPE RNA 样本由国家肿瘤疾病中心（NCT，德国海德堡）的组织库提供，本应用符合组织库的规定并获得海德堡大学伦理委员会的批准。

数据分析
DV₂₀₀ RNA 分析能够自动定义一个包含 200 至 8000 个核苷酸的区域， 如图 1 所示。对应的 DV₂₀₀ 显示在区域表的总百分比一列中。所有样本的 RIN 算法不受影响。选择结果表，DV₂₀₀ 会包含在导出并打印的数据中。此外，可以从芯片汇总表中复制 DV₂₀₀ 范围。

结果标记

可根据 DV₂₀₀ 指标对降解的 RNA 样本按片段大小分布进行分类。一些 RNA 序列库方案推荐根据样本的 DV₂₀₀ 范围确定 RNA 的起始量^[1]。DV₂₀₀RNA 分析用不同颜色标记 RIN < 4 的样本，以轻松评估 DV₂₀₀ 范围（图 2）。

导入分析
DV₂₀₀ RNA Nano 和 Pico 分析能够与 2100 Expert 软件版本 B.02.08 或更高版本兼容。它们可用于重新分析现有数据文件以及新数据采集。
如需使用 2100 Expert 软件进行 DV₂₀₀ RNA Nano 或 Pico 分析，请从安捷伦网站下载该软件：www.genomics.agilent.com。将 DV₂₀₀ RNA Nano.xsy 或 DV₂₀₀ RNA Pico.xsy 文件存储在 RNA 分析文件夹 (C:\Program Files (x86)\Agilent\2100 bioanalyzer\2100expert\assays\RNA) 中。

要将 DV₂₀₀ 应用于现有数据文件：

1. 用 2100 Expert 软件打开文件

2. 导航至分析属性选项卡

3. 单击导入设定值并选择对应的 .xsy文件（图 3）

DV₂₀₀ RNA Nano 分析仅可用于重新分析真核细胞总 RNA Nano 数据文件，并且 DV₂₀₀ RNA Pico 分析仅可用于真核细胞总 RNA Pico 数据文件。

分析设定值和结果标记将应用于数据文件并且随后可以进行保存。

要用 DV₂₀₀ RNA Nano 和 DV₂₀₀ RNA Pico 分析运行样本：

1. 根据 RNA Nano 或 Pico 试剂盒指南制备样本和 RNA 芯片

2. 当芯片准备好并放入 2100 生物分析仪中时，转至仪器情境界面，单击分析选择，并选择对应的 DV₂₀₀ RNA 分析。将该分析存储于 RNA 分析文件夹中后，就成为了通用分析选择的组成部分（图 4）

结论
DV₂₀₀ RNA Nano 和 DV₂₀₀ RNA Pico 分析是实用工具，能够自动定义从 FFPE 组织中提取的降解 RNA 样本的 DV₂₀₀ 区域。分析被导入后，即可用于运行 Agilent 2100 生物分析仪 RNA 芯片或重新分析现有数据文件。DV₂₀₀ 结果可保存、导出并显示在报告中。

来源：安捷伦科技（中国）有限公司(Genomics)